本會隸屬於臺南市政府，為本府一級單位，置主任委員、副主任委員、專門委員、研考委員，下設研展暨青年事務科、綜合規劃科、管制考核科及二級機關智慧發展中心(置主任、副主任下設數位創新組、資訊管理組、智慧應用組)，另設有兩岸小組、青年事務委員會。
